Nach dem Zweiten Weltkrieg, als der kirchliche Wiederaufbau in Deutschland begann, konnte der Ökumenische Rat der Kirchen (ÖRK) durch die Hilfe von Kirchen, Gemeinden und einzelnen Christinnen und Christen aus England und Amerika, Methodisten, Baptisten und Mitgliedern anderer Denominationen, wesentlich zu einem Neuanfang beitragen. Der Zweite Weltkrieg hatte die Kirchen durch die Erfahrung erschüttert, dass sie nicht zu gemeinsamem Zeugnis und Handeln gefunden hatten. Es begann ein neues Nachdenken darüber, wie die christlichen Kirchen stärken zusammenwachsen und gemeinsam reden und handeln können. Ziel der ökumenischen Bewegung war es, die Kirchen „zu gemeinsamem Zeugnis und Dienst“ zu vereinen. Neben dem weltweiten Ökumenischen Rat der Kirchen (ÖRK) bildeten sich in vielen Ländern Nationale Kirchen- und Christenräte.

In Deutschland wurde die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) am 10. März 1948 in Kassel, also noch vor der ersten Vollversammlung des ÖRK 1948, gegründet. Der Zusammenschluss sollte ermöglichen, die Kirchen in Deutschland bei der Gründung des ÖRK in Amsterdam gemeinsam zu vertreten. Zum ersten Vorsitzenden wurde Pastor Martin Niemöller gewählt. Gründungsmitglieder waren die EKD und 5 evangelische Freikirchen, darunter die Methodisten, Baptisten und Mennoniten, sowie die Alt-Katholiken.

Bedingt durch die politische Teilung Deutschlands konnten die ACK-Delegierten aus den Kirchen auf dem Gebiet der damaligen DDR ab 1963 nicht mehr an den gemeinsamen Sitzungen teilnehmen. 1970 wurde die „Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen in der DDR“ (AGCK) gegründet.

Obwohl auch in der Zeit der Trennung zwischen den beiden Arbeitsgemeinschaften vielfältige Verbindungen bestanden, verliefen manche Entwicklungen unterschiedlich. Das machte sich vor allem in verschiedenen Formen der Mitgliedschaft bemerkbar. Während z.B. die Römisch-Katholische Kirche (Deutsche Bischofskonferenz) nach dem II. Vatikanischen Konzil in der AGCK (Ost) einen Beobachterstatus hatte, wurde sie 1974 Mitglied der ACK (West). Im selben Jahr kam die Griechisch-Orthodoxe Metropolie von Deutschland ebenfalls als Vollmitglied im Westen dazu. Diese Erweiterung war ein wesentlicher Meilenstein in der Geschichte der deutschen Ökumene.

Nach der Wiedervereinigung der beiden deutschen Staaten schlossen sich die beiden Arbeitsgemeinschaften im November 1991 bei einer gemeinsamen Tagung in Eisenach wieder zusammen und unterzeichneten eine neue Satzung.

In der Folgezeit hat sich die ACK weiter vergrößert. Sie umfasst heute 17 Vollmitglieder, 4 Gastmitglieder und 4 Beobachter.