Der Vorstand der ACK wird von der Mitgliederversammlung gewählt. Er besteht aus fünf Personen. Seine Zusammensetzung soll möglichst die Vielfalt der Kirchen in der ACK widerspiegeln. Der Vorstand der ACK tagt in der Regel fünfmal im Jahr.

Dem Vorstand gehören in der Amtsperiode aktuell an:

• Weihbischof Dr. Peter Birkhofer (Freiburg), Delegierter der Deutschen Bischofskonferenz (DBK)
• Bischof Emmanuel von Christoupolis (Berlin), Delegierter der Orthodoxen Bischofskonferenz in Deutschland (OBKD)
• Reverend Christopher Easthill (Wiesbaden), Delegierter der Arbeitsgemeinschaft Anglikanisch-Episkopaler Gemeinden in Deutschland
• Pastor Manfred Ewaldt (Hamburg), Delegierter des Bundes Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland (BEFG)
• Landesbischof Ernst-Wilhelm Gohl (Stuttgart), Delegierter der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD)

Stellvertretende Vorstandsmitglieder sind Diakon Prof. Dr. Hacik Rafi Gazer (Armenische Kirche), Bischof Dr. Bertram Meier (DBK), Landesbischof Dr. Oliver Schuegraf (EKD), Pastor Christoph Stiba (Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland, BEFG), Bischof Hans-Jörg Voigt D.D. (Selbständige Evangelisch-Lutherische Kirche, SELK).